永禄6年(1563)に勃発した三河一向一揆。桶狭間の戦いの後、若き家康は岡崎を中心に西三河の制圧を進めていきました。この中で、当時の三河本願寺教団の中心寺院において家康の家臣が籾をめぐって争ったことが、一揆の引き金となったとされています。
家康の家中にも多くの門徒武士がおり、その多くが一揆方に与し、家康と敵対しました。また、家康に反発する国衆の反乱も同時に起こり、家康の生涯三大危機の一つとされています。

半年に亘る戦いの後、家康は一揆方、国衆に勝利し一揆は終結しました。一揆に関わった本證寺の空誓などの坊主らは家康に改宗を迫られ、ついには家康領国を追放されました。
一揆終結後から21年後の天正13年(1585)、家康の伯母で熱心な真宗門徒とされる妙春尼などの働きかけにより三河三か寺を含む七か寺が赦されました。

家康は放免後も三河本願寺教団や門徒に対して礼銭の要求や京都への材木運搬を命じるなど厳しい対応をとる一方で、織田信長との石山合戦で本證寺を追われた教如に接近しました。慶長7年(1602)本願寺は東西分派し、西三河の真宗寺院の多くが教如の東本願寺を支持しました。